Nach dem frühen Tod seines Vater 1820 wuchs Hermann Sauppe bei seinem Onkel väterlicher Seite, der in Naumburg Küster an St. Othmar war, auf. 1838 Heirat mit Emilie Nüscheler. Gilt als Begründer der griechischen Epigraphik. Regen Kontakt mit vielen bedeutenden Gelehrten seiner Zeit, unter anderem auch enge Freundschaft mit Christian Andersen und Hoffmann von Fallersleben. Hatte den Vorsitz in dem Comité zur Errichtung des Goethe-Schiller-Denkmals in Weimar inne. Anlässlich seines fünfzigjährigen Doctorjubiläums wurde die Sauppe-Stiftung ins Leben gerufen, um die Studien der klassischen Alterthumswissenschaft in Göttingen zu fördern und Reisestipendien für den Besuch des klassischen Südens zu vergeben.