Nach der sogenannten Machtergreifung begannen die Nationalsozialisten, Erich Kaufmann wegen seiner jüdischen Herkunft zu verfolgen. Er und seine Frau galten als Juden, obwohl beide evangelisch getauft waren. Kaufmann wurde 1934 unter Zuhilfenahme des Gesetzes zur Wiederherstellung des Berufsbeamtentums entlassen. Es gelang ihm in der Folgezeit, einen Kreis von Schülern in seinem Haus in Berlin-Nikolassee zu sammeln ("Nikolasseer Seminare"). Nach der Reichspogromnacht 1938 floh er nach Holland, wo er sich während des Zweiten Weltkriegs versteckt hielt. Erich Kaufmann wurde 1950 von der Philosophischen Fakultät der Universität München und 1960 von der Juristischen Fakultät der Christian-Albrechts-Universität die Ehrendoktorwürde verliehen.