Seibold lehnte Rufe nach Erlangen 1962 und Bonn 1966 ab, sowie das Amt als Präsident der Bodenforschungsanstalt in Hannover 1973. Gemeinsam mit dem amerikanischen Umweltschützer Lester Brown wurde Eugen Seibold 1994 von der japanischen Asahi Glass-Stiftung mit dem Blue Planet Prize, dem weltweit höchstdotierten Umweltpreis, ausgezeichnet. Von dem Preisgeld stiftete er gemeinsam mit seiner Frau Dr. Ilse Seibold der DFG den Grundstock zur Begründung eines Fonds. Daraus wird alle zwei Jahre der mit je 10.000 Euro dotierte Eugen und Ilse Seibold-Preis zur Förderung der Wissenschaft und zur Verständigung zwischen Deutschland und Japan verliehen.