Am 16. September 1935 wurde F. Brüggemann nach § 18 der Reichshabilitationsordnung die Lehrerlaubnis entzogen. Eine folgende Klage vor dem Kreisarbeitsgericht in Kiel gegen diese Suspendierung hatte nur bedingten Erfolg: Brüggemann wurde zwar freigesprochen und die Bezahlung seiner Bezüge wieder aufgenommen, aber die Lehrerlaubnis wurde ihm nicht mehr erteilt. Bereits zuvor, im Jahr 1934, war er aus der NSDAP und dem Kampfbund für deutsche Kultur ausgeschlossen worden. Der ganze Vorgang, sowie Protokolle zu Gerichtsverhandlungen und Zeugenaussagen, befindet sich in seiner Personalakte im Schleswiger Landesarchiv. Im Widerspruch hierzu steht allerdings ein Schreiben Brüggemanns an Rektor Georg Dahm vom 18. September 1935, in dem er schreibt, dass er seit dem 1. Mai 1933 NSDAP Mitglied sei. Brüggemann fügt noch hinzu: "Eine Unterbrechung meiner Mitgliedschaft hat nicht stattgefunden."