Während seiner Kriegsgefangenschaft in den Jahren 1945-47 in Italien leitete Merkel das German bacteriological and pathological laboratory 672, zuerst im Lage Ghedi (100.000 Mann Belegung) und später im Raum Rimini. In einem ersten Entnazifizierungsverfahren, das in der amerikanischen Zone erfolgte, wurde Merkel wegen seiner Mitgliedschaft in der NSDAP und der SA in die Kategorie IV (Mitläufer) eingestuft. In einem Brief des Dekans der philosophischen Fakultät an den Universitätskurator vom 28. April 1948 (LASH, Abt. 47, Nr.6836) heißt es dazu, Merkel sei von der Spruchkammer allerdings als "nicht nationalsozialistisch eingestellt" eingestuft worden und hätte sich "nicht aktiv oder propagandistisch für die Partei [eingesetzt]." Der Nazi-Ideologie habe er innerlich ablehnend gegenüber gestanden "und sich ganz seiner wissenschaftlichen Forschung" gewidmet. Der Dekan stellt deshalb fest, dass Merkel in die Kategorie der Unbelasteten falle und "nicht mit denjenigen gleichzusetzen [sei], die in der britischen Zone in die Kategorie IV eingestuft" wurden. Noch im selben Jahr ist Merkel in die Kategorie V eingestuft worden.