1945 wurde Schittenhelm von der Militärregierung aus dem Hochschuldienst entlassen. Erst 1949 wurden ihm die Rechte eines emeritierten o. Professores zugesprochen. Schon kurz nach seiner Berufung an die Münchener Universität im Jahr 1934 richtete Schittenhelm in seiner Klinik eine Abteilung für 'Erbpflege und Erbforschung' ein. Da diese jedoch schlecht ausgestattet war, keinerlei Ergebnisse lieferte und zudem kein Bestandteil des 'SS-Ahnenerbes' war, wurde sie bereits vier Jahre später wieder aufgelöst.