Fritz Kern war in erster Ehe (1909–1941) mit Bertha von Hartmann, Tochter des Philosophen Eduard von Hartmann verheiratet; aus der Ehe gingen ein Sohn und zwei Töchter hervor. Die Ehe wurde 1941 geschieden. In zweiter Ehe (1941) war er mit Elisabeth Charlotte, Tochter des Sanitätsrats Dr. Reinhold Ahrens, verheiratet; aus dieser Ehe ging ein Sohn hervor. 1949 konvertierte Kern vom evangelischen Christentum zum Katholizismus. Im Herbst 1944 war Kern Mitglied einer Widerstandsorganisation, der auch abtrünnige hohe SS-Führer angehörten. Ihr Ziel war die Abkürzung des Krieges durch einen Separatfrieden mit den Westmächten. Kurz vor Kriegsende floh Kern in die Schweiz ins Exil, aus dem er 1948 zurückkehrte.