Den Ruf an die Staatliche Musikhochschule in Berlin nahm Stein 1933 nur unter der Bedingung an, dass einige jüdische Musiker entlassen werden sollten (Emanuel Feuermann, Leonid Kreutzer). Als Reichsleiter der Fachgruppe Musik und Referent für Kirchenmusik und Chorwesen nahm Stein im Kampfbund für Deutsche Kultur seit dem Juli 1933 eine wichtige Rolle ein. Seit Mai 1933 arbeitete Stein an der Gleichschaltung der deutschen Chöre mit. Ende Juli 1933 scheiterte Steins Versuch, trotz der seit Mai 1933 bestehenden Mitgliedersperre in die NSDAP aufgenommen zu werden, indem er beteuerte: "Ich kann ehrenwörtlich versichern, daß ich mit dem Herzen seit vielen Jahren der herrlichen Bewegung Adolf Hitlers zugetan war“ (Klee, Ernst: Das Kulturlexikon zum Dritten Reich: wer war was vor und nach 1945, Frankfurt a. M. 2007, S. 588). So wurde er erst am 1. März 1940 Mitglied.