Anfang Februar 1933 kam es zu heftigen publizistischen Angriffen auf Skalweit. Ihm wurde vorgeworfen, kommunistische Studenten zu protegieren. Hinter den Vorgängen stand die Kieler Studentenschaft. Am 5. März 1933 legte Skalweit sein Rektorat nieder. Noch im selben Jahr wurde er an die Johann Wolfgang Goethe-Universität in Frankfurt am Main zwangsversetzt. 65 Jahre alt, bat er im Februar 1945 um seine Emeritierung. Im Juli wurde er von seinen Pflichten entbunden. Da emeritierte Professoren, die der NSDAP angehörten, nach dem Zweiten Weltkrieg keine Pension erhielten, versuchte Skalweit, seine Emeritierung rückgängig zu machen. Von den US-amerikanischen Militärbehörden zwar für 'politisch einwandfrei' erklärt, konnte er aber nicht auf seinen Lehrstuhl zurückkehren.