Auf Grund seiner fachlichen Kenntnisse und überragenden Arbeiten war Werner Jaeger nie als Assistent oder Privatdozent tätig, sondern wurde direkt nach der Habilitation außerordentlicher Professor in Basel. Jaegers eigene politische und weltanschauliche Überzeugungen standen in schroffem Gegensatz zum nationalsozialistischen Gedankengut. 1936 wurde er daher auf eigenen Wunsch aus dem preußischen Staatsdienst entlassen und emigrierte in die USA. Auch die jüdische Herkunft seiner zweiten Ehefrau machte diesen Schritt notwendig. Ferner war er Mitglied der verschiedensten nationalen und internationalen Akademien der Wissenschaften (Berlin, München, Erfurt, London, Kopenhagen, Stockholm).