Mommsen wird nachgesagt, eine "imperiale Würde [zu haben], mit der [er] die deutsche Wissenschaft in der zweiten Hälfte des vorigen Jahrhunderts regierte" (Deutsche Nobelpreisträger, S. 27). Dies und sein - zum damaligen Zeitpunkt - beispielloses Wissen verhalf ihm dazu, im Jahre 1902 den Nobelpreis zu gewinnen. Mommsen war in jungen Jahren ein großer Gegner des Judentums, doch seine Liebe zur Justiz und seine geistige Rechtschaffenheit vermochten es, ihn umzustimmen. So fühlte er sich zunehmend der liberalen Partei zugezogen und äußerte sich häufig gegen Antisemitismus. So unterzeichnete Mommsen am 12. November 1880 mit als erster die "Declaration of Notables", welche Judenhetze zu nationaler Schande erklärte. Ebenso setzte sich Mommsen dafür ein, dass Schleswig-Holstein nicht Teil des Dänischen Königreiches wird.