Flitner hat auf offene Opposition verzichtet und war Mitglied im NS-Lehrerbund und der Nationalsozialistischen Volkswohlfahrt (NSV). Im Laufe des Jahres 1933 und nachdrücklich seit dem Jahr 1935 distanzierte sich Flitner vom Nationalsozialismus; seine Entlassungsurkunde aus der Universität lag seit 1937 bereits unterschrieben beim Leiter der Hamburger Hochschulbehörde, wurde aber nicht ausgehändigt. Später waren seine Seminare Treffpunkte der Hamburger "Weißen Rose".